Nachdem seine Mutter während eines Luftangriffs im Zweiten Weltkrieg ums Leben gekommen ist, muss der elfjährige Mahito Tokio verlassen. Er zieht zu seinem Vater und dessen neuer Frau in ein altes Herrenhaus, das sich auf einem riesigen Landgut befindet. Isoliert von der Außenwelt beginnt Mahito, die verzauberten Landschaften seines neuen Zuhauses zu erforschen. Dabei begegnet er einem mysteriösen Graureiher, der hartnäckig an seiner Seite bleibt. Nach und nach wird der Reiher zu seinem Führer und hilft ihm dabei, die Welt um ihn herum besser zu verstehen sowie die Geheimnisse des Lebens zu lüften.